ENREDO

Os jogadores assumem o papel de Profeta quando ele retorna a Nova York em 2047, 24 anos após os eventos de Crysis 2. Ele descobre que a cidade foi encerrada em um nanodome gigante criado pela corporação corrupta da CELL. O Liberty Dome da cidade de Nova York é uma verdadeira floresta urbana repleta de árvores, pântanos densos e rios furiosos. Dentro do Liberty Dome, sete ambientes distintos e traiçoeiros são conhecidos como as Sete Maravilhas. Dizem que o Profeta está em uma "missão de vingança" depois de descobrir a verdade por trás dos motivos da CELL para construir o Nanodome em quarentena. Após os eventos de Crysis 2, Psycho e Prophet viajam pelo mundo procurando o Alpha Ceph, o líder em Ceph. Profeta e Psico finalmente traçam o Alpha Ceph na Rússia e o aprisionam. No entanto, pouco depois, a CELL Corporation, agora tentando dominar a terra e a tecnologia global, desativa o Profeta na Sibéria e captura todos os soldados nanosuit, esfolando-os com suas roupas para recuperar a genética Ceph armazenada neles. A CELL transfere o Profeta para uma instalação em Nova York, dentro de um gigante "Nanodome", para esfolá-lo. Ele é salvo por uma força de resistência, liderada por Claire Fontanelli e Karl Ernst Rasch, uma vez que o Profeta é o único detentor de nanossuit que pode parar a CELL. Psycho, que foi salvo por Claire depois de ser esfolado, explica ao Profeta que, durante sua ausência, a CELL usou a tecnologia Ceph para gerar energia ilimitada e conquistou o monopólio da fonte de alimentação do mundo. Aqueles que não podiam pagar por energia eram escravizados por dívidas com a CELL. A fonte de geração de energia da CELL para o mundo inteiro, chamada System X, está localizada em Nova York, agora abandonada. O grupo de resistência quer que o Sistema X seja destruído para libertar o mundo da CELL. Depois que Psycho e Profeta desabilitam o núcleo do Sistema X, verifica-se que é um protocolo de sistema projetado para conter o Alpha Ceph enquanto drena a energia do alienígena. No entanto, o protocolo de defesa secundário foi iniciado, causando a autodestruição da usina. O Alpha Ceph, livre de contenção, abre um buraco de minhoca para o mundo natal de Ceph. Eles planejam enviar uma força ainda maior para invadir a Terra através do buraco de minhoca e transformá-la em terra à custa de toda a extinção da vida local. Com o Alpha Ceph não mais inativo, o coordenador do Ceph se reativa e ocorre um ataque coordenado do Ceph. Depois de desbloquear sua capacidade potencial removendo alguns blocos neurais em seu traje, Profeta descobre que a CELL planeja usar o Archangel, um dispositivo de distribuição de energia baseado em satélite que pode extrair energia da rede elétrica do mundo, como uma arma de energia direcionada para destruir o Alpha Ceph . Dispará-lo causaria uma reação em cadeia que destruiria a Terra. Eles desligam a arma antes que ela tenha energia suficiente para disparar. Ao longo do caminho, Psycho descobre que Claire foi um dos cientistas que relutantemente o esfolou, causando atrito em seu relacionamento anteriormente romântico com ela. Infelizmente, Karl, que secretamente usou a tecnologia Ceph para prolongar sua vida útil, é possuído pelo Ceph e fere criticamente Claire enquanto o Profeta é psiquicamente debilitado. Recuperando o controle após Psycho atirar nele, ele se sacrifica para distrair o Alpha Ceph. Profeta, Psicótico e Claire embarcam no VTOL e batalham com os navios Ceph, eventualmente caindo. Claire morre no processo. Psicótico, entristecido por sua morte, lamenta ao Profeta que ele é impotente porque ele não possui mais um Nanosuit. Ao ser informado de que sua falta de um nanossuit o salvou do controle de Karl anteriormente, Psycho, agora usando seu nome real, Michael, encontra outro VTOL para levar o Profeta ao Ceph. Michael e Profeta vão em direção ao Alpha Ceph, mas são atolados pela Mente Mestre Ceph. Profeta encontra o seu caminho através das hordas do exército Ceph e mata o Alpha Ceph, que por sua vez mata todos os outros soldados Ceph na área. No entanto, eles não têm tempo suficiente para destruir a estrutura do buraco de minhoca Ceph e o feixe que alimenta o buraco de minhoca puxa o Profeta para o espaço. Agora em órbita ao redor da Terra, o Profeta vê um enorme navio de guerra Ceph chegando pelo buraco de minhoca. Recordando o poder do Arcanjo, o Profeta acorda e invade o satélite e o usa para destruir o navio de guerra. A explosão derruba o buraco de minhoca e o Profeta é empurrado de volta à Terra. Ele cai nas águas perto das Ilhas Lingshan, onde os eventos de Crysis ocorreram 27 anos antes. Quando o Profeta acorda na manhã seguinte, ele está em uma cabana abandonada em Lingshan. Uma televisão em segundo plano informa que os ativos da CELL foram congelados pelo senador Strickland enquanto a empresa está sob investigação. À medida que os blocos neurais são removidos do Nanosuit, a camada externa do traje é alterada para reformar o antigo corpo físico do Profeta, ressuscitando-o. Ele sai para a praia e renuncia ao passado jogando suas etiquetas na água. Ele então decide usar seu nome real "Laurence Barnes" a partir de então. O jogo termina com o Profeta voltando ao galpão e ativando sua habilidade furtiva. Em uma cena pós-crédito, dois soldados da CELL são baleados por Michael depois de levarem três membros do conselho para um bunker. Mais tarde, Michael afirmou que gostaria de fazer uma reclamação aos membros do conselho sobre seu tratamento em um de seus "hospitais".