Após a derrota de Shinnok, Dark Raiden planeja proteger Earthrealm destruindo todos os seus inimigos e fazendo um exemplo de Shinnok; decapitando-o. Este último ato inspira Kronika, a mãe de Shinnok e a guardiã do tempo, a reescrever a história a fim de apagar a interferência de Raiden. Dois anos depois, uma equipe de ataque das Forças Especiais liderada por Sonya Blade, Cassie Cage e Jacqui Briggs atacam o Netherrealm, com Raiden fornecendo uma distração para ajudá-los. A equipe consegue destruir o castelo de Netherrealm, embora à custa da vida de Sonya. Kronika cria uma aliança com os revenants Liu Kang e Kitana, agora governantes do Netherrealm, imediatamente depois. Enquanto isso, Kotal Kahn, o atual imperador de Outworld, tenta executar Kollector, fiel de Shao Kahn, mas é interrompido por uma tempestade no tempo que traz Shao Kahn, Skarlet, Baraka e versões mais jovens de Kano, Erron Black, Jade, Raiden, Kitana, Liu Kang, Johnny Cage, Sonya, Jax, Escorpião, Kabal e Kung Lao de uma linha do tempo alternativa e apaga Dark Raiden da existência. Uma batalha começa no Koliseum de Kotal até D'Vorah transportar Baraka, Skarlet, Shao Kahn, Black e Kano para sua colméia; recrutando-os para o rebanho de Kronika. Liu Kang, Kung Lao e Raiden aparecem no QG das Forças Especiais do Earthrealm após forjar uma aliança com Kotal Kahn, enquanto Jade e Kitana ajudam Kotal a proteger Outworld das forças de Kronika. Liu Kang e Kung Lao investigam a Academia Wu Shi e encontram o capanga de Kronika, Geras. A batalha subsequente termina com Geras usando seus poderes cronocinéticos para escapar com poderosas cápsulas de energia contendo a força vital de Earthrealm. As Forças Especiais descobrem que Sektor, apoiado por Noob Saibot e um Frost cibernético, está construindo um exército ciborgue para Kronika. Sub-Zero e Hanzo Hasashi são enviados para a fábrica para detê-los. Com a ajuda de Cyrax, eles fecharam o Cyber ​​Lin Kuei; forçando Geras e ambas as versões de Kano a reviver Sektor e reconstruir o exército cibernético. Raiden tenta consultar os deuses mais velhos. Eles se recusam a ajudar, mas Cetrion lhe dá uma pista para derrotar Kronika. Durante uma tentativa posterior, Raiden descobre que os Deuses Anciões foram mortos e que Cetrion os traiu para servir sua mãe, Kronika. Kotal e Jade vão para um campo de Tarkatan para afastá-los de Shao Kahn, mas o ódio de Kotal pelos Tarkatans faz com que Jade o lute antes que Shao Khan apareça e os capture. A base das Forças Especiais é destruída pelo Dragão Negro e pelo Cyber ​​Lin Kuei, com o jovem Johnny e Sonya capturados no processo, o mais velho Johnny ferido e Sektor morto. Devido à destruição do Templo Lin Kuei de Sub-Zero, do Templo Sky da Academia Wu Shi e da base das Forças Especiais, o Fire Garden de Shirai-Ryu é o único refúgio seguro que resta para os heróis do Earthrealm. Cassie lidera uma equipe de greve para salvar seus pais, onde Sonya mata a versão mais jovem de Kano para apagar seu eu atual da existência. Enquanto isso, Kitana, Liu Kang e Kung Lao lutam com Baraka para garantir uma aliança entre ele e Sheeva. Com sua ajuda, Kitana derrota e cega Shao Kahn, unindo as facções Outworld e herdando o trono de Kotal. Raiden envia Jax e Jacqui para obter a Coroa de Almas da ilha agora abandonada de Shang Tsung, mas o casal é frustrado por Cetrion e Jax atual, que foi enganado por Kronika. Hasashi é encarregado de fazer com que Kharon, o barqueiro das almas de Netherrealm, se junte ao seu lado para que eles possam viajar para a fortaleza de Kronika. Hasashi luta contra o seu eu mais jovem e o convence a se juntar ao seu lado, apenas para ser mortalmente ferido por D'Vorah. Scorpion a afasta e volta ao Jardim do Fogo para honrar o desejo de Hasashi. No entanto, um Raiden enfurecido o ataca à vista, recorrendo ao uso do amuleto de Shinnok. Liu Kang intervém, fazendo Raiden ver que eles lutaram em várias linhas do tempo, e percebe que Kronika orquestrou todos eles, porque sua força combinada é a única coisa que pode impedi-la. Antecipando isso, Kronika sequestra Liu Kang para enfraquecer os heróis. Com o recrutamento de Kharon, um exército conjunto Earthrealm / Outworld ataca a fortaleza de Kronika. Geras é jogado no mar de sangue sem fundo; Frost é desligado, desativando o Cyber ​​Lin-Kuei; e o Jax mais velho falha ao lado dos heróis. Uma vez que ele absorveu a alma de seu passado, Kronika envia Liu Kang para atacar Raiden. Depois de derrotá-lo, Raiden se funde com ele e passa por Liu Kang para se tornar Deus do Fogo Liu Kang; adquirindo as memórias e o conhecimento do plano de Kronika de seu eu revenant no processo. Os heróis violam a Fortaleza, apenas para que Kronika volte no tempo até o início. Deus do Fogo Liu Kang, no entanto, se mostra imune devido ao seu status de deus, e subsequentemente derrota os revenants restantes e Cetrion antes de lutar contra Kronika. Dependendo do resultado da batalha, a história termina de três maneiras diferentes: Não canonicamente, se Liu Kang é derrotado por Kronika, ela o mata e anuncia o início da Nova Era. Se Liu Kang derrota Kronika com sucesso, mas perde um round para ela, ele não consegue trazer Kitana de volta devido a Kronika reverter a história muito longe. Em vez disso, um agora mortal Raiden se oferece para se tornar conselheiro de Liu Kang pelo tempo que durar sua vida. Este é o final do cânone que prepara o cenário para as consequências da expansão. Se Liu Kang derrota Kronika com sucesso em duas rodadas seguidas sem perder uma vez, ele consegue se reunir com Kitana e ambos prometem criar uma nova e melhor linha do tempo, enquanto desfazem os erros de Kronika. Embora eles percebam que os mortais ainda farão suas próprias escolhas e novos males eventualmente surgirão, eles decidem enfrentar o que quer que aconteça juntos.