Em 2137, 15 anos após os eventos do filme original de Alien, Amanda Ripley, filha de Ellen Ripley, descobre que o gravador de vôo do navio de sua mãe, o Nostromo, foi localizado. O gravador de vôo foi recuperado pelo navio de resgate Anesidora e está sendo mantido a bordo do Sevastopol, uma estação espacial da Seegson Corporation que orbita a gigante do gás KG-348. Christopher Samuels, um andróide de Weyland-Yutani, oferece a Ripley um lugar na equipe de recuperação para que ela possa encerrar o destino de sua mãe desaparecida. Ripley, Samuels e Nina Taylor, executiva da Weyland-Yutani, viajam para Sevastopol através do Torrens, um navio de entregas, descobrindo que a estação está danificada e as comunicações estão offline. Eles tentam caminhar no espaço em Sebastopol, mas sua linha de EVA é cortada por detritos, separando Ripley dos outros. Enquanto explora a estação, Ripley encontra o gravador de vôo do Nostromo, mas os dados foram corrompidos. Ela também descobre que a estação está fora de controle devido a uma única criatura alienígena mortal à espreita a bordo. Depois de se reagrupar com Samuels e Taylor, Ripley conhece o marechal da estação, Waits, e seu vice, Ricardo. Waits explica que o estrangeiro foi trazido para a estação pelo capitão da Anesidora, Henry Marlow. Depois de recuperar o gravador de vôo do Nostromo enquanto recuperava seus restos no espaço, a tripulação conseguiu voltar ao caminho do Nostromo até o LV-426 e localizar a nave abandonada, contendo dentro de um ninho de ovos alienígenas. A esposa de Marlow foi atacada por um Facehugger e foi levada a bordo de Sevastopol para tratamento médico de emergência, mas morreu depois que um Chestburster nasceu dela. Waits convence Ripley a conter o Alien dentro de um módulo remoto da estação e depois o ejeta no espaço. Embora Ripley seja bem-sucedida, Waits ejeta o módulo com ela ainda dentro. Embarcando na KG-348, Ripley salta no espaço de volta a Sevastopol usando um traje espacial. Ripley volta para enfrentar Waits, mas Ricardo revela que os andróides de serviço da estação começaram abruptamente a massacrar a equipe restante, incluindo Waits. Samuels tenta interagir com a inteligência artificial da estação, APOLLO, para cessar o tumulto. No entanto, as contramedidas defensivas do sistema o matam logo depois que ele abre um caminho para Ripley no núcleo de controle da APOLLO. Lá, Ripley descobre que Seegson estava tentando vender Sevastopol para Weyland-Yutani, que instruiu a APOLLO a proteger o alienígena a todo custo. Ripley diz à APOLLO que a criatura não está mais a bordo da estação e exige que todas as atividades sejam interrompidas, mas o sistema recusa, afirmando que "as verificações programadas do reator não foram verificadas". No reator, Ripley descobre um ninho com centenas de alienígenas e inicia uma purga do reator para destruí-lo. Ripley descobre que Taylor foi secretamente enviada para recuperar o Alien de Sevastopol e que ela libertou Marlow em troca da localização do LV-426. No entanto, Marlow a cruzou e levou seu refém a bordo do Anesidora. Lá, Ripley finalmente descobre o gravador de vôo do Nostromo, contendo o monólogo de Ellen Ripley no final de Alien. Enquanto isso, Marlow tenta sobrecarregar o reator de fusão do Anesidora para destruir Sevastopol e garantir que nenhuma criatura alienígena sobreviva; Taylor o mata na tentativa de detê-lo, mas ela mesma é morta por descarga elétrica, forçando Ripley a escapar logo antes que a Anesidora exploda. A explosão destrói os estabilizadores orbitais de Sebastopol, fazendo com que a estação vagueie lentamente na atmosfera do KG-348. Ripley e Ricardo entram em contato com o Torrens para a extração, mas um colecionador se agarra a Ricardo, forçando Ripley a deixá-lo. Depois de sair para ajudar os Torrens a se separarem da estação, Ripley é cercado por criaturas alienígenas e, finalmente, é lançado no navio por uma explosão. A bordo do Torrens, Ripley descobre que outro Alien embarcou no navio. Quando Ripley é encurralada na câmara, ela ejeta a si mesma e ao Alien no espaço. À deriva em seu traje espacial, Ripley é despertada por um holofote.