Os jogadores assumem o controle de Walker, o último arqueiro de Vineland, que deve sobreviver em um mundo habitado por mutantes perigosos e bandidos enlouquecidos depois que foi atingido pelo asteróide 99942 Apophis. A maioria da humanidade morreu durante esse evento apocalíptico. Enquanto surgiam novos assentamentos e facções, um grupo chamado Autoridade se declarava o novo poder militar. O prólogo do jogo começa na casa de Walker, Vineland, uma cidade fundada por ex-residentes da Arca e seus descendentes. Vineland é invadida pelos exércitos mutantes Abadon reconstruídos pela Autoridade, e a tia adotiva de Walker, Prowley, é morta pelo General Cross. Prowley deixa uma holotape pré-gravada pedindo a Walker que realize o Projeto Dagger, uma missão concebida para parar o General Cross. Walker é indicado como o último Ranger, um grupo de sobreviventes da Arca cujos trajes movidos a nanotritos lhes proporcionam habilidades de combate aprimoradas. Eles são convidados pela gravação de Prowley a encontrar os outros três membros do Projeto Dagger; Loosum Hagar, Marshall e Dr. Kvasir. A filha biológica de Prowley, Lily, fornece a Walker a Phoenix, um veículo indestrutível para viajar pelas Terras Desertas, e promete reconstruir Vineland na ausência do Arqueiro. Marshall é encontrado na cidade de Gunbarrel. Walker é convidado a ajudá-lo a restaurar o poder de Gunbarrel antes de Marshall e recuperar Gulo, um batedor enviado por Marshall de um clã inimigo hostil chamado Immortal Shrouded. O último ato desafiador do batedor foi engolir o gravador com a localização do bunker, que Walker recupera de seu intestino já esculpido. Eles seguem para o bunker, eliminando a patrulha imortal envolta e a Autoridade enviada para desalojá-los e protegem os dados necessários para penetrar nas verificações de segurança da Autoridade. Loosum Hagar é o prefeito de Wellspring, um importante centro de viagens em Wasteland. Quando Walker chega ao seu escritório, o arqueiro é forçado a combater uma tentativa de assassinato contra o prefeito, que ela suspeita que o magnata de Wasteland, Klegg Clayton, tenha planejado o ataque. Klegg tenta matar Walker depois de admitir que ele estava no primeiro nome com General Cross. Lutando contra os capangas de Klegg, Walker adverte Loosum da trama contra Wellspring e descobre um tanque Xerxes MK III Authority Predator escondido nas catacumbas de Klegg sob a cidade. O Arqueiro segue Klegg até um bunker da Autoridade, para testemunhar o General Cross derrubar seu lacaio sem sucesso por não ter entregue Wellspring. Explorando mais profundamente as instalações, Walker encontra evidências de que a Autoridade está construindo enormes mutantes de Abadon, peça por peça, chamando-os de "Titãs" e planejando libertá-los no resto da Terra Deserta. Walker arranca o núcleo de fusão de um enorme titã de meia construção, causando uma reação em cadeia que destrói a instalação e simultaneamente assegura uma fonte de energia para o tanque Xerxes III Predator necessário para concluir o Projeto Adaga. O Dr. Anton Kvasir é um mestre em manipulação genética encarregado de criar um vírus nanotrito que desabilitaria a capacidade do General Cross de se clonar indefinidamente para prolongar sua vida. O cientista convida Walker para seu santuário, onde ele diz que está impedido de terminar seu projeto por poder insuficiente de computação. Walker é convidado a pousar o Eco-Pod 15, o último de uma série de satélites encarregados de semear novamente a Terra com vida, caso o meteoro Apophis tornasse o planeta estéril após o impacto. Após entrar no EDEN Space Center, o Kvasir invade o mainframe do Vault para conceder a Walker o status de POTUS para garantir que eles possam acessar todos os aspectos do Projeto EDEN. Bem-sucedido em baixar o Eco-Pod 15 de volta à Terra, Walker escraviza seu processador no mainframe de Kvasir antes de ser forçado a lutar contra uma força de ataque da Autoridade. Kvasir envia Walker em uma missão para recuperar uma amostra de DNA de General Cross. Invadindo uma base de Autoridade para a amostra, Walker liberta cativos de Vineland, cujo DNA foi usado em terríveis clonagens e experiências com mutantes. Walker decapita General Cross depois de derrotá-lo em batalha, apesar de um novo clone do General escapar. De volta ao laboratório de Kvasir, o médico usa a cabeça decepada de Cross para produzir o vírus nanotrito que fazia parte do Projeto Adaga. Com os três componentes, Walker inicia a fase final do Projeto Adaga, infiltrando-se no QG da Autoridade. Capaz de entrar no complexo personificando General Cross, o Ranger é descoberto pelo verdadeiro general. General Cross encontra Walker enquanto monta um gigantesco Cyber ​​Titan, e as duas batalhas. Ao matar o Titã, Walker apunhala Cross no olho com o vírus Nanotrite, causando a corrupção do DNA para impedir a criação de futuros clones. No entanto, sem o conhecimento de Walker devido à manipulação de Kvasir, os nanotritos do Ranger também são suscetíveis ao vírus. Engasgado até a morte ao lado do corpo quebrado de General Cross, Walker é salvo pela intervenção de Lily, que os devolve ao escritório de Hagar em Wellspring para tratamento médico. Com a arma de Lily na cabeça, o Dr. Kvasir trabalha freneticamente para salvar o Arqueiro. Quando ele consegue, o médico implora por sua vida a Lily enfurecida, que o poupa. O jogo termina com Walker recuperando a consciência e agradecendo a ajuda de Lily, prometendo continuar ajudando a Terra Deserta como o Último Ranger.