O Red Alert 3 mantém a principal mecânica de estratégia em tempo real da série Command & Conquer. As facções em guerra colhem recursos usando coletores vulneráveis ​​e usam esses recursos para construir bases e forças militares no local. As estruturas formam uma árvore tecnológica rasa, porém ampla, com uma variedade de unidades e super-armas indescritíveis. Os tipos de armas são especializados ao ponto em que um rifle pode suportar ataques diretos de um canhão antitanque. Os principais refinamentos do Red Alert 3 são a adição do Império do Sol Nascente às facções da sub-série, uma campanha cooperativa e uma guerra naval expandida. A campanha para um jogador é totalmente cooperativa. Cada missão é jogada ao lado de um aliado. Estes podem ser jogados online, com outro jogador. Off-line é um dos vários caracteres controlados por computador. As equipes compartilham renda e geralmente começam com as mesmas forças. Os caracteres computadorizados podem receber comandos simples, como uma ordem para tomar uma posição específica ou atingir um alvo específico. A campanha tem nove missões para cada lado. As tramas de cada lado são mutuamente exclusivas. A guerra naval é enfatizada como outra frente. O produtor executivo Chris Corry declarou que muitas unidades são anfíbias, negociando eficácia para aumentar a flexibilidade. Edifícios e bases inteiras podem ser construídos sobre a água, exceto em instalações de produção em terra ou em unidades navais (por exemplo, fábricas de tanques são apenas para terra, mas tanques de tsunami são anfíbios e podem ser produzidos em estaleiros navais) e jogadores "ignorar o oceano [provavelmente] perderá uma parte significativa de sua economia potencial para seus oponentes". Destacando ainda mais isso, o fato de que, apesar de alguns mapas de campanha serem inteiramente terrestres, todos os mapas multijogador possuem massas de água significativas. O uso de unidades navais e várias habilidades de unidade também ajudaram os jogadores a contra-atacar as unidades de seus o