A jogabilidade em Killer Instinct mantém sua mecânica tradicional baseada em combinação. Os elementos básicos dos combos são Openers, ataques especiais que iniciam combos; Auto-dobra, pressiona o botão após ataques especiais que criam seqüências de acertos automáticas; Linkers, necessários para juntar várias dobras automáticas; Enders, uma sequência que finaliza o combo com dano aumentado; e Manuais, cadeias de ataques inseridas fora da estrutura de combinação tradicional. Como nos títulos anteriores, os jogadores podem terminar seu oponente usando um Ultra Combo, uma sequência automática de ataques que só pode ser usada para terminar uma partida. A segunda temporada depois adicionou Stage Ultras, movimentos de acabamento ambiental que podem ser acionados em estágios específicos. O jogo também apresenta o retorno de Combo Breakers, ataques que podem interromper o combo de um oponente quando executado corretamente, bem como a nova adição de Counter Breakers, que pode cancelar o Combo Breaker de um oponente e deixar o personagem vulnerável se for executado de forma inadequada. Os jogadores que falharem na tentativa do Combo Breaker ou forem atacados com um Counter Breaker entram no estado Lockout, impedindo que outro breaker seja tentado por três segundos ou até o combo terminar. A atualização da segunda temporada adicionou a capacidade de usar Combo Breakers e Counter Breakers, mesmo no ar, bem como uma opção "Aerial Recapture" que permite que certos personagens atacem oponentes no ar e os puxem para o chão para continuar seus combos. Um medidor de dois segmentos permite o uso de movimentos "Sombra" que melhoraram as propriedades de acerto e podem causar mais dano e acertos combinados, embora os medidores de certos personagens funcionem de maneira diferente. Todos os personagens podem usar uma técnica de Contador de Sombras enquanto bloqueiam para cancelar instantaneamente em um ataque de sombra. Outro novo recurso da jogabilidade do Killer Instinct é a adição do "Modo Instinct". Ao preencher uma barra secundária abaixo da barra de vida do personagem, cada personagem pode ativar um aprimoramento exclusivo por um período limitado, como Glacius se cobrindo de armadura de gelo para melhor resistência a danos ou o traço de Thunder se tornando invencível e se movendo para mais longe. As melhorias são construídas para complementar as características do estilo de jogo do personagem. O Modo Instinto pode ser usado para realizar um cancelamento instantâneo durante um combo e também redefinir o "valor de knockdown", um medidor que aparece durante um combo que determina o quão perto o combo está de terminar automaticamente o jogo. O Modo Instinct também pode ser usado para parar um Ultra Combo para encadear outros movimentos e até outro Ultra para um acabamento ainda mais elegante do que um simples Ultra Combo pode oferecer. Uma atualização em fevereiro de 2017 trouxe o retorno dos ataques "Ultimate" da série, movimentos de acabamento cinematográfico para certos personagens que podem ser usados ​​no lugar de um Ultra Combo. O Killer Instinct apresenta um modo tutorial detalhado do "Dojo", que não apenas apresenta novos jogadores aos sistemas do Killer Instinct, mas também o básico da luta no jogo através dos níveis intermediário e superior. Também está incluído um modo de treinamento, que apresenta um manequim gravável de CPU, dados de quadro no jogo e caixas de batidas visíveis. O multiplayer online do jogo possui uma liga mensal baseada em níveis. Estão disponíveis quatro camadas, denominadas Bronze, Prata, Ouro e Assassino. Após chegar pela primeira vez à página de destino, um jogador joga 10 partidas de qualificação para determinar sua colocação inicial no nível da escada. Posteriormente, os jogadores jogam apenas contra outros jogadores do mesmo nível até subirem de classificação. As partidas 'Killer vs. Killer' apresentam a melhor configuração de partida '2 em 3'. Após cada mês, o nível Killer é redefinido e os 32 melhores jogadores Killer no final do mês recebem o Status PRO recompensado, o que os imortaliza nas tabelas de classificação daquele mês, além de desbloquear estrelas especiais do 'Player Card PRO'. O código de rede online do jogo, desenvolvido com a ajuda do criador do GGPO, é baseado na funcionalidade de reversão no estilo GGPO. O Killer Instinct também apresenta o "Shadow Lab", um modo que estuda como um jogador joga o jogo e, em seguida, usa essas informações para criar um lutador 'Shadow', uma IA para qualquer personagem que seja especificamente baseada no estilo de jogo e nas técnicas desse jogador. personagem específico, completo com maneirismos e falhas de jogabilidade desse jogador. Os jogadores podem criar sombras para jogar contra outros jogadores online, mesmo quando o jogador não está presente. Sombras tentam se adaptar às brigas da maneira que seu dono faria. Sombras para o personagem específico de um jogador ficam mais fortes quanto mais ele joga. Um modo single player adicional, "Shadow Lords", foi adicionado ao jogo por meio de uma atualização gratuita em 20 de setembro de 2016. Servindo como modo de história para a Terceira Temporada, Shadow Lords exige que os jogadores montem um time de três personagens jogáveis ​​e escolha entre uma série de cenários gerados processualmente e batalhas contra os imitadores de Gargos, semelhantes a roguelike. Vencer essas batalhas concederá ao jogador recompensas adicionais, incluindo itens que proporcionam aumento temporário de estatísticas quando usados, Guardiões que fornecem novas habilidades quando equipadas, como aparar e armadura, e skins de personagens exclusivos. Derrotar certos oponentes também permitirá que os jogadores removam habilidades e efeitos de Gargos, facilitando sua derrota na batalha final do modo. As recompensas são transferidas entre as jogadas dos Shadow Lords, e conteúdo adicional foi adicionado ao modo através de várias atualizações após seu lançamento. Um modo multiplayer associado permite que os jogadores usem seus itens e guardiões ganhos em Shadow Lords durante as batalhas de jogadores online. O jogo possui a capacidade de desbloquear e usar a música retro Killer Instinct no modo de treinamento do jogo, bem como acessórios de personagens e roupas clássicas para uso no lugar das aparências padrão dos personagens. Chris Sutherland, o locutor dos dois primeiros títulos do Killer Instinct, é apresentado como um locutor opcional disponível para uso, enquanto o diretor de arte original do Killer Instinct, Kevin Bayliss, desenhou um conjunto de oito figurinos para a segunda temporada do jogo. O jogo usa o software de reconhecimento facial do Kinect para salvar as configurações personalizadas do jogo dos jogadores.