Seis membros dos sete "Emotional Spectrum" Lantern Corps são todos convocados por uma força misteriosa, revelada como Brainiac. O Corpo é derrotado e faz uma lavagem cerebral para servi-lo, antes de Brainiac ir à Terra para recuperar mais uma lanterna: Hal Jordan. Enquanto isso, em Gotham City, Batman e Robin perseguem Killer Croc através dos esgotos. Croc escapa e entrega um mapa para seus cúmplices: o Coringa, Cheetah, Firefly e Solomon Grundy. No Salão da Justiça, Cyborg conclui o trabalho em um "Teletransportador de Slideways" que liga o Salão da Justiça à Torre de Vigia da Liga da Justiça e envia o Lanterna Verde através dele para se encontrar com Martian Manhunter como teste. O teste foi bem-sucedido e o portal foi deixado aberto. De volta à Batcaverna, o Batcomputador detecta a nave espacial que se aproxima de Brainiac. Observando-o pelo telescópio, Batman é exposto ao raio de controle da mente e fica furioso, destruindo a Batcaverna e tentando escapar pelo Batmóvel. No entanto, o sistema de defesa do carro o eletrocuta, dando a Robin tempo suficiente para convencer Batman de seu transe com um discurso sincero, apesar de Batman afirmar que era a eletricidade e não o discurso que o acordou. No Hall da Justiça, o Coringa e a empresa invadem a sala do Slideways Teleporter usando o mapa roubado por Croc e se juntam a Lex Luthor disfarçado de Hawkman, depois de trancar o verdadeiro Hawkman. É revelado que Luthor é o cérebro do esquema, planejando usar o canhão de fusão binária da Torre de Vigia para manter a Terra em resgate e forçar os cidadãos a torná-lo presidente. Usando o teletransportador, os vilões chegam à Torre de Vigia, o que causa um bloqueio. Enquanto o Lanterna Verde vai investigar a nave de Brainiac, Martian Manhunter envia um sinal de socorro ao resto da Liga da Justiça. Batman e Robin lançam um foguete para o espaço e logo se juntam a Flash, Wonder Woman, Superman e Cyborg. Depois de embarcar na Torre de Vigia, os heróis se separaram para subjugar os vilões. No entanto, enquanto se preparam para retornar à Terra, Brainiac envia uma transmissão para a Torre de Vigia, revelando seu plano de usar os poderes combinados do Corpo de Lanternas para cobrar um raio de contração que lhe permitirá adicionar a Terra à sua coleção de planetas em miniatura. Os heróis e vilões formam uma aliança relutante em parar Brainiac, com o Super-Homem voando no espaço na tentativa de impedir que o raio encolher alcance a Terra, enquanto os outros seguem para a sala de controle da Torre de Vigia para usar os braços mecânicos da nave para embarcar. Nave espacial de Brainiac. Uma vez lá, eles são emboscados por Lanterna Verde, que sofreu uma lavagem cerebral por Brainiac durante sua investigação da nave espacial e é selada da Torre de Vigia por Batman antes que Robin possa convencê-lo a sair de seu transe. O grupo então embarca no navio de Brainac, mas ele hipnotiza todos, exceto Robin, que é protegido devido ao uso do capacete do Doutor Destino e liberta os outros. Enquanto isso, Superman consegue abrir caminho através do raio do raio cada vez menor e atingir a máquina, fazendo com que o raio exploda e libere todas as lanternas da hipnose, que são instantaneamente teletransportadas de volta aos planetas domésticos de suas respectivas baterias. Brainiac escapa em uma nave menor para uma Terra agora parcialmente reduzida, enquanto sua nave principal fica girando fora de controle, e Robin fica para cuidar do resto do grupo, que foi atingido por raios de energia dos anéis das Lanternas, dando eles as emoções associadas ao corpo. Batman e Mulher Maravilha perseguem Brainiac em várias cidades da Europa, incluindo Paris, Londres e Pisa, que ele reduz ao tamanho de uma garrafa, apesar dos esforços para detê-lo. Ao longo do caminho, eles se reúnem com Superman, enquanto Cyborg redireciona o navio de Brainiac para colidir em Gotham. Lá, os heróis e vilões, incluindo os desajustados emocionais, preparam uma armadilha para Brainiac, que fica preso em uma gaiola improvisada pelo Flash. De volta à Torre de Vigia, o Super-homem formula um plano para restaurar a Terra ao seu tamanho original usando os cristais armazenados na Fortaleza da Solidão em conjunto com um fragmento de cristal que detém o poder das Lanternas, que Robin recuperou do raio de contração destruído. No entanto, eles também exigirão os poderes de todas as Lanternas, levando-os a se dividirem em grupos diferentes para viajarem para cada um dos planetas das Lanternas e recuperar uma amostra de energia de seus anéis de poder. Martian Manhunter, Flash e Cyborg viajam para Zamaron, Nok e Odym para recrutar os poderes de Star Sapphire, Indigo-1 e Saint Walker, respectivamente, enquanto Batman, Robin, Wonder Woman (disfarçado de Joker, Luthor e Cheetah) e Grundy viajam para Ysmault, Okaara e Qward para roubar as baterias de Atrocitus, Larfleeze e Sinestro. Com todos os poderes das lanternas reunidos, o grupo se reúne na Fortaleza da Solidão, e Superman começa a trabalhar no raio de contração duplicado. Após um breve conflito com Sinestro, Larfleeze e Atrocitus, a máquina está completa e a Terra retorna ao seu tamanho normal, juntamente com todas as suas cidades, embora o progresso também resulte em um efeito colateral que faz o Super-Homem inflar em proporções gigantescas . No entanto, isso também permite que Brainiac escape de sua jaula e ele chega na Fortaleza da Solidão, revelando que encolheu Gotham e Metropolis, antes de fazer uma lavagem cerebral no Super-Homem e enviá-lo em um tumulto destrutivo. Sem nenhuma criptonita, todos os ataques do grupo são impotentes contra o Super-Homem até que Batman, lembrando seu incidente no Batmóvel, tenha a idéia de eletrocutá-lo. Quando isso também não funciona, Robin diz a Batman para dar um monólogo sincero ao Super-Homem, o que funciona, o que implica que também foi o discurso de Robin que despertou Batman do transe na Batcaverna. Livre do controle de Brainiac, Superman destrói sua nave, enviando-a para as profundezas do espaço e se encolhendo de volta ao tamanho normal no processo, enquanto a Brainiac é reduzida a um tamanho minúsculo e subsequentemente aprisionada. Com a missão concluída, os membros da Liga retornam as cidades reduzidas ao seu tamanho normal, e os vilões se separam deles, retomando suas vidas de crime. Luthor atinge seu objetivo inicial de se tornar presidente, mas isso é apenas temporário, pois a Liga chega em breve para prendê-los. Luthor, Joker e suas coortes são jogados na prisão, onde o par compartilha uma célula com o Brainiac encolhido, apenas para quebrar acidentalmente a garrafa em que ele foi mantido, fazendo com que ele retorne ao seu tamanho normal. Na cena dos créditos intermediários, Sinestro, de volta a Qward, jura vingança na Liga da Justiça até encontrar o jato invisível da Mulher Maravilha, que voa. Na Torre de Vigia, um novo grupo de heróis chega pelo Teleporter Slideways. Sob o Salão da Justiça, Hawkman ainda está trancado em uma gaiola.