A voz da Árvore Espiritual na floresta de Nibel narra a história de quando Ori, um espírito guardião, caiu dela durante uma tempestade quando recém-nascido e foi adotado por uma criatura chamada Naru, que criou Ori como sua. Um evento cataclísmico logo faz toda a floresta murchar, e Naru morre de fome. Recém-órfã, Ori é deixada para explorar a floresta por conta própria. Depois de cair perto da Árvore dos Espíritos e ser revivido por ela, Ori mais tarde conhece Sein (pronunciado / saɪn /), um pequeno orbe que guia Ori em uma jornada para restaurar a floresta. Sein encarrega Ori de recuperar a luz de três elementos principais que sustentam o equilíbrio de Nibel: águas, ventos e calor. Ori e Sein se deparam com dois seres em sua missão: Gumo, o último sobrevivente do clã Gumon, parecido com uma aranha, que foi arrasada pelo cataclismo da floresta e cuja casa suporta o elemento Vento; e Kuro, uma coruja gigante e sombria que é hostil a Ori. Gumo inicialmente rouba a chave do elemento Água, mas ele a devolve depois que Ori o salva de um deslizamento de rocha. Depois que o elemento Vento é reacendido, Ori e Sein encontram o ninho de Kuro, vazio, exceto por um único ovo, e eles aprendem a fonte de sua ira e o cataclismo da floresta: quando Ori foi perdida, a Árvore dos Espíritos liberou um flash de luz para procurar eles, que queimaram e mataram todos os filhotes recém-nascidos de Kuro quando ela estava longe de seu ninho, à procura de comida. Determinada a impedir que isso aconteça com seu filho ainda não nascido, Kuro tirou o núcleo no topo da Árvore Espiritual, que na verdade é Sein. Sem seu núcleo, a Árvore Espiritual não poderia sustentar os três elementos, e Nibel perdeu o equilíbrio. Enquanto isso, Gumo ouve as intenções de Ori e Sein de restaurar Nibel e usa seu tesouro de clã que armazena a luz da Árvore Espiritual para reviver Naru e a leva para onde Ori está. Após o elemento final, Calor, ser restaurado no vulcão Monte Horu, Kuro ataca Ori e Sein quando o fogo de Horu começa a se espalhar. Naru, que havia sido separado de Gumo, chega para proteger Ori de Kuro. Kuro suaviza, lembrando a dor de perder seus filhos. Enquanto o fogo se espalha e está prestes a alcançar seu ovo restante, Kuro leva Sein de volta à Árvore Espiritual, que emite um flash de luz brilhante que dissipa o fogo e restaura a floresta, mas Kuro é destruído pela luz. O tempo passa enquanto a floresta começa a florescer mais uma vez, e Ori observa novos espíritos nascendo no campo, aos pés da Árvore Espiritual. Gumo e Naru assistem juntos de longe, antes que o último volte para casa, onde agora descansa o último ovo de Kuro, bem a tempo de vê-lo começar a chocar.