Dragon Age: Inquisition se passa no continente de Thedas, o mundo de fantasia em que os dois jogos anteriores se passam. O jogo cobre mais território geográfico do que seus antecessores, com um mapa sendo descrito como quatro a cinco vezes o tamanho de Ferelden, o cenário do primeiro jogo da série. A revisão do cenário permite aos jogadores ir e voltar entre Ferelden e Orlais. Após os eventos descritos em Dragon Age II e o romance suplementar Dragon Age: Asunder, o Círculo de Magos ficou desonesto e a Ordem dos Templários se separou da Chantry para travar sua própria guerra contra os magos do mundo. Simultaneamente, o romance vinculado à Inquisição, Dragon Age: The Masked Empire, explora as origens de uma guerra civil que eclodiu em Orlais entre os partidários da imperatriz Celene, no poder, e uma poderosa facção nobre liderada por seu primo, grão-duque Gaspard. de Chalons. A área percorrida na Inquisição é muito maior do que Dragon Age: Origins e Dragon Age II, e diz-se que abrange dois países e as terras entre os dois. Os países são: Ferelden (cenário de Dragon Age: Origins) e Orlais, com uma terra conhecida como Dales. No ano 9:41 Dragon, a guerra dos Mago-Templários é temporariamente interrompida por um Conclave perto da vila de Haven, onde a Divina Justinia V, líder da Chantry, orquestrou uma conferência de paz. Uma explosão destrói repentinamente o Conclave, matando a Divina Justinia V e a maioria dos clérigos da Chantry, juntamente com muitos magos e templários. A explosão cria um enorme buraco no Véu - a fronteira mágica entre o mundo físico e o Desbotamento, o mundo dos espíritos e demônios - conhecido como "Violação". O único sobrevivente da explosão é o personagem do jogador, que emerge com uma marca na mão capaz de fechar as fendas no Véu que surgiram no rastro da Violação, mas que não guarda lembrança do que aconteceu. Testemunhas afirmam que a personagem do jogador foi levada para fora do Fade por uma misteriosa figura feminina, espalhada pelos boatos do profeta Andraste, a histórica Noiva do Criador - o deus monoteísta do Chantry - e o fundador nominal da religião. Depois de fechar várias brechas, o personagem do jogador começa a ser chamado de "Arauto de Andraste". Com o Chantry efetivamente sem liderança, Leliana e Cassandra Pentaghast invocam uma das últimas ordens do Divino como suas mãos esquerdas e direitas metafóricas para restabelecer a Inquisição, uma ordem antiga anterior ao Chantry formada para se defender dos perigos da magia e dos hereges, e posicione o Herald como a figura de proa da organização. Eles se juntam a Cullen como líder das forças militares da organização e Josephine Montilyet como diplomata-chefe da organização, juntamente com Varric Tethras, um anão e ex-companheiro de Hawke, e Solas, um mago élfico versado em fendas e espíritos do Fade. Eles decidem legitimar a autoridade da Inquisição com os clérigos remanescentes da Chantry, fecham a Violação e identificam e derrotam seu criador. Depois de recrutar os magos rebeldes ou os remanescentes da Ordem dos Templários, o Arauto consegue fechar a Violação. Durante uma celebração da vitória, a vila é atacada por uma força invasora liderada por Corypheus, um antigo magister de Tevinter que virou o darkspawn responsável pela abertura da Violação. Ajudado por um dragão que se assemelha a um arquidemônio, um Deus antigo corrompido, Corypheus supera as defesas de Haven e força a Inquisição a fugir. Corypheus enfrenta o Herald e se refere à marca como "a âncora", o meio pelo qual ele pretende entrar fisicamente no Fade e reivindicar o trono do Criador na Cidade Negra para obter apoteose por si mesmo. Ele tenta remover a âncora com um orbe élfico mágico, apenas para encontrá-lo permanentemente ligado ao Herald, que desencadeia uma avalanche que enterra Haven e dizima o exército de Corypheus. O Herald se reúne com os outros sobreviventes, e a Inquisição é liderada por Solas à fortaleza abandonada de Skyhold, localizada no alto das montanhas, na fronteira entre Ferelden e Orlais. O Herald se torna o Inquisidor, o líder indiscutível da Inquisição, e Skyhold se torna a nova base de operações da Inquisição. Com a ajuda de Hawke, o protagonista de Dragon Age II que fugiu de Kirkwall antes dos eventos da Inquisição, o Inquisidor investiga o desaparecimento dos Guardiões Cinzentos e descobre que eles foram manipulados por Corypheus para criar um exército de demônios. Hawke e o Inquisidor são assistidos por um diretor renegado; dependendo das escolhas dos jogadores, pode ser Alistair, Loghain Mac Tir ou Stroud. O Inquisidor reentra no Fade e recupera as memórias do Conclave, descobrindo que elas não foram de fato escolhidas pela providência divina. Eles obtiveram a Âncora depois de tropeçarem em um ritual sendo realizado na Divina Justinia V por encantados Guardiões Cinzentos na direção de Corypheus e depois entrarem em contato com o orbe. O Inquisidor descobre que a figura misteriosa era o Divino assassinado (ou um espírito benigno assumindo a forma do Divino), e não a própria Andraste. O aliado dos Guardiões Cinzentos ou Hawke dá a vida para ajudar os outros a escapar do Desvanecimento, após o que o Inquisidor deve exilar ou recrutar os Guardiões restantes. O Inquisidor também assiste a uma bola no Palácio de Inverno, na tentativa de resolver a guerra civil orlesiana em andamento e obter a assistência das forças orlesianas. As ações e escolhas do inquisidor influenciam quem ocupará o trono orlesiano e pode até resultar no assassinato da imperatriz. Depois, o consultor arcano da imperatriz, Morrigan, se junta à Inquisição como uma ligação imperial. Ela direciona o Inquisidor ao Templo de Mythal para impedir Corypheus de obter um Eluvian, um poderoso artefato que lhe permitiria entrar fisicamente no Fade. O inquisidor testemunha Corypheus aparentemente ser destruído pelas defesas do templo, apenas para ele renascer no corpo de um Grey Warden próximo. Refugiando-se dentro do templo, o Inquisidor ou Morrigan obtém os poderes do Poço das Dores, localizado próximo ao Eluviano do templo. A festa escapa de Corypheus através do Eluvian, que é destruído logo após uma figura misteriosa emergir do Well para impedir o magister de avançar pelo artefato. Mais tarde, Mythal é revelado como a mãe de Morrigan, Flemeth, a Bruxa da Selva; quem bebe do poço das dores é quem recebe a sabedoria dos servos anteriores de Mythal, mas também os liga à sua vontade. Em ambos os casos, as vozes do Poço revelam que o dragão de Corypheus é a chave para detê-lo; é um fac-símile de um arquidemônio que, se morto, atrapalharia a capacidade de Corypheus de pular em outros corpos e deixá-lo vulnerável. O Inquisidor então confronta Corypheus quando ele reabre o Breach e derrota ele e seu dragão, selando o Breach permanentemente e arremessando o magister do darkspawn no Fade, destruindo seu corpo físico e a esfera no processo. Solas, consternado, parte da Inquisição e desaparece sem deixar rasto depois de recuperar o orbe destruído. Um epílogo narrado por Morrigan detalha os resultados das decisões do Inquisidor, incluindo a guerra dos Mago-Templários, os Guardiões Cinzentos e a liderança de Orlais. As escolhas do Inquisidor também fazem com que Cassandra, Leliana ou Vivienne (se ela foi recrutada na Inquisição) sucedam Justinia V como "Victoria Divina". Uma cena pós-crédito mostra Flemeth se encontrando com Solas, que é revelado como Fen'Harel, o deus élfico da traição. A conversa deles revela que o orbe pertenceu a Solas, que estava fraco demais após milênios de sono no Fade, e ele permitiu que ele caísse nas mãos de Corypheus, na esperança de usar o antigo peão das trevas para desbloquear o orbe. Ele julgou mal a capacidade de Corypheus de sobreviver ao poder destrutivo do orbe, o que significava que ele é indiretamente responsável pela série cataclísmica de eventos que se desenrolaram na Inquisição. Embora com remorso por suas ações, Solas considera que o povo élfico precisa dele. Ele petrifica Flemeth e aparentemente absorve Mythal em si mesmo.