Antes de iniciar o jogo, escolhe-se um planeta no menu principal, que é uma galáxia interativa. Depois disso, escolhe-se um estágio (que já tenha sido desbloqueado, senão, apenas poderá ser escolhido o celular). Respectivamente, deve-se escolher a dieta do animal a jogar (carnívoro ou herbívoro, já para poder ser onívoro, deve-se adquirir a boca onívora durante o jogo ou colocar as duas bocas desde o começo), um tema (opcional) e o nome do planeta a ser cultivada a vida. É importante o planejamento das ações que devem ser executadas durante o jogo, já que as decisões e atitudes realizadas durante um estágio provavelmente terão consequências no curso da espécie jogável, alterando os acontecimentos e recursos dos próximos estágios. No estágio espacial, a espécie do jogador adotará uma filosofia, esta filosofia é completamente moldada de acordo com as atitudes e escolhas tomadas durante os outros quatro estágios jogados. Por exemplo: Se enquanto célula ou criatura foi-se uma animal herbívoro, logo após uma tribo pacífica, que se aliava a todas as outras (ou a maioria delas), e depois disso tornou-se uma civilização religiosa, acabará por ser adotado uma filosofia pacifista. Ao todo, são dez filosofias, que podem ser traçadas de acordo com as ações do jogador nos estágios anteriores. A filosofia Errante é a padrão do jogo, que o jogador recebe quando inicia-se um novo jogo direto no Estágio Espacial.[3] Os estágios são: Estágio Celular - No fundo das águas do planeta, num nível microscópico, o objetivo do jogador é fazer sua célula comer alimentos de acordo com a sua dieta (se a célula é herbívora, deve comer plantas; se é carnívora, deve devorar pedaços de carne ou comer células menores e às vezes maiores; se onívoro, coma dos dois sempre clicando no histórico para se manter onívoro) e evoluir de tamanho, tomando cuidado com células maiores e mais fortes. Para conseguir novas partes, deve-se coletar fragmentos de meteoritos caídos no oceano ou matar células mais complexas. Quando a célula chegar a um certo nível de evolução, alimentando-se bem, esta passa para o Estágio de Criatura e é direcionada para um criador exclusivo que apresenta pernas à escolha e a célula em questão, que diferente do editor de células, este é tridimensional. Estágio de Criatura - A célula adquire pernas, e já pode sair das águas e pisar em terra firme, tornando-se uma criatura. Dessa vez com um ninho, onde pode ganhar pontos de saúde. O objetivo é conhecer e aliar-se a novas criaturas, ou ganhar novos inimigos. A criatura tem um planeta inteiro para explorar em um mundo aberto, devendo tomar cuidado com criaturas mais poderosas, e preocupando-se com os níveis de saúde e de fome. Pode-se encontrar "Criaturas Épicas", que são criaturas gigantes e quase invencíveis, e "Criminosos", que são "criaturas maiores, mais fortes e mais nervosos e violentos do que o comum que ajudam o jogador a evoluir ao serem destruídos ou impressionados. É o primeiro estágio tridimensional. Neste estágio, o jogador poderá eventualmente receber a visita de naves espaciais de outros planetas (inclusive dos Grox), que podem abduzir outras criaturas no campo de visão, e também, raramente pode ocorrer chuvas de meteoros, que normalmente não causam muito estrago ao planeta, mas podem matar se algum meteorito atingir o jogador. O Editor de Criaturas pode ser acessado a qualquer momento, simplesmente acasalando a criatura com outra da mesma espécie. É necessário pontos de DNA, que são obtidos ao socializar ou caçar outras criaturas, para adicionar mais partes à criatura. Quando a criatura ganhar um certo número de aliados e inimigos, uma animação exibe o cérebro da criatura crescendo de tamanho, e então o Estágio de Criatura é concluído e o jogador vai ao Estágio Tribal, em cuja transição de estágios é exibida uma animação final claramente baseada no filme 2001: Uma Odisseia no Espaço. Estágio Tribal - Quando a criatura atinge um nível de evolução suficiente, passa-se para a próxima fase, a tribal. Nesta, o jogador irá controlar uma tribo inteira de seres da mesma espécie (agora cada indivíduo com um nome próprio), com um novo estilo de jogo, já que agora as criaturas são racionais. Aqui, as criaturas irão interagir com ferramentas, cabanas e outras coisas. Ainda assim, a caça, coleta ou ainda a pesca é fundamental para a sobrevivência da espécie. O objetivo é conquistar outras tribos ou se aliar a elas. É possível oferecer presentes a outras tribos, que se resumem em comida, e também realizar apresentações musicais para impressioná-las e agradá-las. Ao todo são nove ferramentas utilizáveis que a tribo pode confeccionar: Ferramentas militares, como lanças, machados e tochas; ferramentas civis, tais como arpões de pesca, cestas para coleta de frutas e um bastão de cura, a ser utilizado pelo xamã da tribo, além de instrumentos musicais, como cornetas, flautas e até um reco-reco. À medida que o tempo passa, outras tribos podem surgir na região de ninhos de criaturas que evoluíram também para a racionalidade (que geralmente não são da mesma espécie que o jogador, uma possível analogia com o fato de que, no paleolítico, o Homo Sapiens competia com outras tribos, geralmente de outras espécies do gênero Homo, como o Homo neanderthalensis ou Homo floresiensis por exemplo). As criaturas selvagens (animais irracionais) podem ser domesticadas, para oferecer ovos para alimentar a tribo, e até mesmo defendê-la, quando preciso. Entretanto, criaturas selvagens não domesticadas podem atacar a tribo ou até mesmo furtar alimento, se este não for monitorado. As criaturas épicas do Estágio de Criatura que não foram mortas no estágio passado continuam neste estágio, e podem atacar a tribo do jogador, e se for morta, pode render uma grande quantidade de carne. Ao dominar todas as outras tribos do continente, uma animação final é exibida onde o chefe da tribo conversa com os outros habitantes sobre expandir a tribo para uma cidade e desenvolver novas tecnologias. Estágio de Civilização - Após dominar todas as outras espécies concorrentes, o jogador irá avançar para a fase de Civilização, onde ele controlará uma cidade, e posteriormente, uma nação inteira. Neste estágio, o jogador controla a felicidade de seus habitantes, cria fábricas, casas e locais para entretenimento, tal como uma simplificação de SimCity, e controla as fontes de recursos naturais do planeta (que no decorrer do tempo do estágio, vão se tornando cada vez mais escassos até todos os recursos do planeta exaurirem-se no fim do estágio). Após a vitória do estágio anterior, a espécie domina o planeta e começa a fundar civilizações (cidades) por todos os continentes do planeta. Pela primeira vez no jogo até então, o planeta pode ser exibido como um todo. A civilização do jogador será a primeira a surgir no planeta, mas não irá demorar para outras serem fundadas por outras facções e tribos da mesma espécie que o jogador. O jogador terá de interagir com estes outros povos por meio de diplomacia, relações comerciais ou guerra. Aqui, o jogador criará veículos, tanto terrestres, aquáticos ou aéreos (veículos aéreos são desbloqueados no decorrer do estágio, e não em seu início, já que uma certa tecnologia é necessária para sua existência) para poder justamente interagir com estas outras culturas e nações. O objetivo desta fase é unificar todo o planeta em uma cultura só, seja convertendo, comprando ou derrotando outros povos. O estágio espacial começará quando a civilização do jogador dominar todo o planeta, incitando a necessidade da globalização para o progresso da civilização rumo ao espaço. Ao unificar todo o planeta, uma animação final é exibida onde aparentemente um cientista desenvolve um foguete capaz de levar sua espécie ao espaço. Estágio Espacial - O último estágio, o Espacial, irá ambientar a espécie ao último nível evolucionário do jogo. Aqui, o jogador irá criar sua espaçonave já no início, e então lançar-se ao espaço. No início, a nave apenas possui propulsão interplanetária, com uma ordem de conhecer os outros planetas de seu sistema planetário. Após encontrar sinais de rádio e ruínas que sugerem a existência de uma extinta civilização em um planeta vizinho ao do jogador, o jogador adquire dentre os destroços um propulsor interestelar, então este é incumbido de viajar e tentar descobrir o porque desta civilização "irmã" perecer. Várias armas irão aparecer, como lasers, bombas, mísseis, lançadores, armas nucleares, e também centenas de ferramentas diversas, como analisadores (ao estilo dos Tricorders, de Star Trek), marcadores de terreno, ferramentas de modelação, e muitas outras. Este estágio não tem fim, mas existem dois principais objetivos citados frequentemente como mistérios a serem resolvidos: Destruir ou se aliar com Os Grox, a civilização mais poderosa da galáxia, e descobrir o que existe dentro do bojo galáctico. O jogador pode comercializar e produzir recursos, criar rotas comerciais, terraformar planetas, fundar colônias (principalmente nos planetas já terraformados), inserir embaixadas em outros planetas, interagir com criaturas, tribos e civilizações não avançadas, dentre outras coisas. O jogador também pode encontrar o Sistema Solar e a Terra, porém, os humanos não existem no jogo.