Em um re-imaginado Japão do final do século XVI em Sengoku, o senhor da guerra Isshin Ashina realizou um golpe de Estado e assumiu o controle da terra de Ashina. Durante esse período, um órfão sem nome é adotado pelo shinobi errante chamado Ukonzaemon Usui, conhecido por muitos como "Coruja", que nomeou o garoto "Lobo" e o treinou nos caminhos dos shinobi. Duas décadas depois, os Ashina estão à beira do colapso devido ao agora idoso Isshin adoecer e os inimigos do clã se aproximando cada vez mais. Desesperado para salvar seu clã, o neto adotivo de Isshin, Genichiro, procurou o Herdeiro Divino Kuro para que ele pudesse usar o menino " Dragon Heritage "para criar um exército imortal. Wolf, agora um shinobi de pleno direito e o guarda-costas pessoal de Kuro, perde o braço esquerdo enquanto falha em parar Genichiro. Tendo recebido o sangue do dragão de Kuro, Wolf sobrevive e é levado a um templo abandonado para se recuperar por um Escultor; um ex-shinobi chamado Sekijo que agora esculpe estátuas de Buda. Armado com uma prótese Shinobi, Wolf ataca Ashina Castle e confronta Genichiro novamente, derrotando-o, embora este último seja capaz de sobreviver, pois bebeu uma parte concentrada das águas rejuvenescedoras, o sedimento rejuvenescedor, e foge. Como Wolf resgata Kuro, os dois têm a oportunidade de fugir de Ashina para sempre, embora Kuro decida ficar e realizar o ritual "Severidade Imortal", que removeria sua Herança de Dragão e impediria que mais alguém brigasse por ele para obter a imortalidade. Relutantemente, Wolf concorda em ajudar Kuro e decide coletar todos os componentes necessários para o ritual, incluindo uma espada especial que pode matar imortais conhecidos como Lâmina Mortal. Durante sua missão, Wolf cruza o caminho com Isshin Ashina, que lhe dá um novo nome: Sekiro; o "lobo de um braço". Depois de coletar todos os componentes do ritual, Sekiro é confrontado por Coruja; que foi pensado morto anos antes. Owl revela que ele também procura o Dragon Heritage, e ordena que Sekiro renuncie sua lealdade a Kuro. Se Sekiro fica do lado de Owl, ele é forçado a lutar com a médica de Isshin, Emma e o próprio Isshin. Ao derrotá-los, Sekiro começa a trair Coruja enquanto Kuro, horrorizado, percebe que ele foi corrompido pela sede de sangue. Se Kuro é escolhido, Sekiro luta e mata Owl. Ele então usa os itens reunidos para entrar no Reino Divino para coletar o componente final: as lágrimas do Dragão Divino. Ao retornar a Ashina, Sekiro descobre que Isshin sucumbiu à sua doença e que o castelo está sendo atacado pelos inimigos do clã. Sendo informada por Emma que Kuro fugiu, Sekiro o encontra sob ataque de Genichiro, empunhando uma segunda Lâmina Mortal. Genichiro desafia Sekiro uma última vez, apenas para ser derrotado mais uma vez. Percebendo que Ashina está perdido, Genichiro se sacrifica para usar a Lâmina Mortal para reviver Isshin em seu auge, para que ele possa restaurá-la. Embora ele discorde dos métodos de Genichiro, Isshin honra o desejo de seu neto e luta com Sekiro. Depois de derrotar Isshin, há três finais possíveis. Dar a Kuro as Lágrimas do Dragão resulta no final padrão, "Separação Imortal", onde a Herança do Dragão é removida à custa da vida de Kuro. Depois, Sekiro toma o lugar do Escultor no templo abandonado e termina sua vida como um shinobi. Trabalhar com Emma para encontrar uma maneira de completar o ritual sem Kuro ter que morrer resultará no final da "Purificação", onde Sekiro consegue salvar Kuro ao custo de sua própria vida. O final, "Regresso a Casa do Dragão", é obtido ajudando a Criança Divina das Águas Rejuvenescedoras. O corpo de Kuro morre, mas seu espírito vive dentro da Criança Divina. Depois, Sekiro escolhe seguir a Criança Divina em uma jornada para devolver a Herança do Dragão ao seu local de nascimento no oeste.