A história de Cry of Fear abrange sete a oito capítulos, dependendo das ações do jogador. A história começa em uma cidade sombria e sombria na Suécia, com Simon acordando em um beco depois de ser atropelado por um carro enquanto tenta ajudar um homem ferido. Passa muito tempo explorando e lutando contra criaturas humanóides enlouquecidas e deformadas. Ele também recebe flashbacks contando a história do que aconteceu após o acidente, desde a resposta da polícia até a hospitalização resultante. Ao longo do caminho, ele conhece um médico enigmático e violento que diz que não pode confiar em Simon, e uma amiga de infância e interesse amoroso chamada Sophie, que comete suicídio à vontade de uma criatura chamada Carcass. O jogador tem a opção de escolher se deve ou não lutar e matar Carcaça, bem como se deve ou não ajudar o médico, dando-lhe uma arma. Se for dada a arma, o médico liga Simon e os dois lutam, com Simon emergindo vitorioso. Ele então relembra o médico conversando com Simon (que está confinado a uma cadeira de rodas como resultado do acidente). O médico diz a Simon que o medicamento não o ajudará por si só e recomenda que Simon tente uma terapia cognitiva, pedindo que ele escreva um livro sobre seus sentimentos e ansiedade. Se Carcass foi morto e o médico recebeu a arma, Simon termina seu livro e se prepara para cometer suicídio, mas ele é interrompido por um colega maligno, Book Simon, que abre a porta de seu apartamento e desaparece. Nesse ponto, o jogador percebe que os eventos de Cry of Fear nada mais são do que uma metáfora da terapia dos livros de Simon. O Simon controlado ao longo do jogo é uma representação do Simon Real que combate o trauma de sua mente. O verdadeiro Simon (ainda confinado à cadeira de rodas) segue Book Simon para outro mundo de pesadelo. Real Simon consegue derrotar Book Simon, terminando a sequência de pesadelo e desencadeando o 4º final, onde Simon mata dois policiais que estavam entrando em seu apartamento para impedi-lo de cometer suicídio. Os médicos testemunham que Simon teve um episódio psicótico e ele é transferido para um hospital psiquiátrico. Recebendo tratamento do Doutor Purnell (que foi o médico visto durante todo o jogo) e sendo visitado regularmente por Sophie, ele se encontra em paz e termina seu livro, dizendo que isso mudou sua vida. Se Carcass não for morto e / ou o médico não receber a arma, Simon cometerá suicídio depois de terminar seu livro, desbloqueando o oitavo capítulo. Simon deve viajar por um mundo de pesadelo diferente e alcançar Sick Simon, que é uma representação do verdadeiro Simon. Depois de derrotar Sick Simon, um dos três finais "ruins" do jogo é jogado.