Soma ocorre em uma instalação de pesquisa subaquática conhecida como PATHOS-II no ano 2104. Enquanto a própria estação caiu em ruínas no início do jogo, PATHOS-II era um sofisticado posto avançado de pesquisa localizado no Oceano Atlântico Norte. Originalmente estabelecida como uma operação de mineração térmica na década de 20 pelo conglomerado japonês Haimatsu e pelo conglomerado europeu Carthage Industries, o objetivo principal da instalação mudou para a tecnologia espacial e a operação do Omega Space Gun - uma ferrovia eletromagnética projetada para lançar em órbita satélites e outros pequenos equipamentos. o custo ou os riscos dos foguetes tradicionais. Todas as operações e manutenção no PATHOS-II são supervisionadas pela Unidade Warden (WAU), uma inteligência geral artificial integrada a todos os sistemas de computadores da instalação. A tripulação do PATHOS-II inesperadamente se tornou a última pessoa a existir na Terra após um grande evento de extinção causado por um cometa atingindo o planeta. Lá, os últimos humanos sobreviveram no dia-a-dia, tentando combater os efeitos negativos de seu isolamento coletivo, bem como outras questões que começaram a representar uma ameaça credível ao seu bem-estar. A história : Em 2015, o protagonista Simon Jarrett sobrevive a um acidente de carro, mas sofre graves danos cerebrais e sangramento craniano. Devido a seus ferimentos, Simon concorda em passar por uma varredura cerebral experimental sob o controle do estudante de graduação David Munshi. Durante a varredura, Simon parece desmaiar e recupera a consciência no Site Upsilon do PATHOS-II, um centro de pesquisa submarino aparentemente abandonado. Explorando Upsilon, Simon estabelece uma conexão com uma mulher chamada Catherine Chun, que o convida para o Site Lambda e revela que ele acordou no ano 2104, um ano depois que um cometa devastou a Terra e deixou PATHOS-II como o posto avançado final da humanidade. . Ao longo do caminho, Simon encontra robôs que acreditam que são humanos e ignora robôs e mutantes hostis. Chegando ao Site Lambda, Simon descobre que Catherine não é humana, mas uma varredura cerebral de um funcionário do PATHOS-II baixado em uma unidade de armazenamento. O próprio Simon é o resultado de sua varredura cerebral de 2015 sendo carregada no cadáver modificado de outro funcionário do PATHOS-II por uma inteligência artificial chamada Unidade Warden (WAU), que assumiu o controle do centro e transformou todos os seres humanos sobreviventes em bio- mutantes mecânicos para cumprir sua tarefa de preservar a humanidade. O único meio de qualquer coisa de origem humana escapar da Terra é a ARK, uma caixa preta digital projetada por Catherine que abriga um mundo simulado no qual as varreduras cerebrais de todo o pessoal da PATHOS-II foram preservadas. Apesar de concluído, o ARK ainda não foi enviado ao espaço. Simon concorda em ajudar Catherine a recuperar a ARCA e a completar sua missão. Como a ARK é mantida no local de Tau, nas profundezas absolutas do Oceano Atlântico, Simon segue em direção ao local de Theta para recuperar um submarino chamado DUNBAT que pode suportar a pressão abissal. Infelizmente, a WAU adulterou preventivamente o DUNBAT, forçando Simon a se mudar para o local da Omicron para criar um novo corpo capaz de viajar pelo fundo do mar. Enquanto procura os componentes essenciais da Omicron, Simon recebe mensagens mentais do especialista em inteligência artificial do PATHOS-II, Johan Ross, que implora para que ele destrua a WAU. Após a conclusão do novo corpo de Simon, Catherine copia a consciência de Simon para ele, resultando em Simon tendo que escolher entre sacrificar o Simon em seu corpo antigo ou deixá-lo com o destino que lhe acontecer. Descendo para o abismo, Simon recupera a ARK do local de Tau e o leva em direção ao local de Phi, onde o canhão espacial Omega está localizado. No entanto, ele é forçado a fazer um desvio pelo site Alpha, onde o núcleo da WAU está oculto. Aqui, Ross revela a Simon que o gel estrutural com o qual ele criou seu novo corpo foi projetado por Ross para envenenar e destruir a WAU, e que seus colegas se recusaram a usá-lo a tempo. Ross dá a Simon a oportunidade de eliminar a WAU, enquanto secretamente planeja matá-lo para impedir que a WAU se adapte à imunidade de Simon. Antes que ele possa fazer isso, Ross é devorado por um leviatã aquático, do qual Simon escapa ao chegar ao local de Phi. No site Phi, Catherine copia as imagens de Simon e seu cérebro na ARK no último minuto antes de ser lançada no espaço. Quando Simon está confuso sobre o motivo pelo qual os dois permaneceram na Terra, apesar de suas realizações, Catherine explica que são suas cópias que habitam a ARCA. Os dois discutem sobre a natureza de sua missão, até que o chip do córtex de Catherine tenha um curto-circuito devido ao esforço, matando-a efetivamente. Simon fica desamparado e sozinho na escuridão do abismo. Em uma cena pós-créditos, a versão de Simon copiada para a ARCA, completamente inconsciente do outro Simon deixado para trás em PATHOS-II, acorda e se reúne com Catherine em uma paisagem idílica. Enquanto isso, a ARK flutua no espaço e deixa para trás a Terra devastada.