Esta é uma ampla visão geral do enredo. Certas decisões tomadas pelo jogador alterarão detalhes de eventos específicos. Bigby Wolf, anteriormente o Big Bad Wolf, é o xerife de Fabletown, uma comunidade oculta de personagens de contos de fadas localizados na cidade de Nova York dos anos 80. Recebendo uma ligação do Sr. Toad, Bigby protege uma prostituta de um lenhador embriagado. Antes de partir, ela diz que ele não é tão ruim quanto todo mundo diz que ele é. Mais tarde naquela noite, Bigby e Branca de Neve encontram a cabeça da mulher deixada na porta de Woodlands. Pistas deixadas com a cabeça a identificam como Faith, uma fábula de Allerleirauh. O vice-prefeito Ichabod Crane ordena que ele e Snow investiguem sua morte. Eles vão para o apartamento que ela dividiu com o marido, o príncipe Lawrence, e encontram os Tweedles, Dee e Dum, bisbilhotando. Eles descobrem que Lawrence e Faith lutaram para sobreviver e Faith se prostituiu para ajudar a pagar as contas. Bigby deixa Snow em Woodlands enquanto ele continua a encontrar pistas. Quando ele volta, encontra os bosques cercados pela polícia, com a cabeça de Snow nos degraus do prédio. Bigby é levado para interrogatório pela polícia mundana, mas Crane usa um feitiço para limpar o incidente das mentes da polícia. Quando eles retornam, ficam surpresos ao encontrar Snow ainda vivo; a cabeça é mostrada disfarçada por um glamour do mercado negro, um feitiço que as fábulas não humanas usam, e pertence a um troll chamado Lily. Bigby rastreia as conexões de Lily com o Pudding & Pie, um clube de strip administrado por Georgie Porgie, mas Georgie alega inocência. Uma de suas outras prostitutas, Nerissa, enigmaticamente direciona Bigby para um quarto de hotel próximo. Lá, ele encontra o sangue de Lily na cama e evidências fotográficas de Crane praticando atos sexuais com Lily glamourosa para se parecer com Snow. Ele informa isso a Snow, e eles correm de volta às florestas para encontrar Crane, e o Espelho Mágico, que poderia ter revelado sua localização, quebrado com um fragmento faltando. Bigby segue uma trilha de pistas do paradeiro de Crane até o apartamento de Aunty Greenleaf, uma das bruxas que faz o mercado negro brilhar. Ao longo do caminho, Bigby descobre que Crane tem desviado dinheiro de Fabletown ao longo dos anos para pagar um agiota conhecido como Crooked Man. Greenleaf aponta os dois de volta para o Pudding & Pie. Atacando o clube, eles encontram Crane tentando extrair informações das prostitutas para provar sua inocência. Snow percebe que as ações de Crane não são as de um assassino, e ele é preso por seu peculato. Saindo do clube, eles são atacados pelo Crooked Man e seus capangas, os Tweedles e Bloody Mary. Mary e os Tweedles instigam Bigby em sua forma de lobisomem, e uma briga começa. Quando Mary fere criticamente Bigby com uma bala de prata, Snow intervém para parar a luta e voluntariamente entrega Crane ao Crooked Man para salvar a vida de Bigby. De volta às florestas, Bigby luta para encontrar pistas quando Nerissa aparece. Ele percebe que a fita que ela usa a impede de falar a verdade, que Faith usava uma fita idêntica e que ela morreu quando a fita foi removida. Ele segue outra trilha de pistas e encontra evidências do anel de glamour do mercado negro no açougue Cut Above, uma loja de penhores chamada Lucky Pawn, onde o Crooked Man distribui seus empréstimos para as fábulas de Jersey Devil, outro capanga do Crooked. Man, e a presença de Crane, bem como o Mirror Shard ausente. The Mirror revela Mary colocando Crane em um vôo no exterior para Paris para impedi-lo de falar, bem como o próximo local da porta do covil do Crooked Man, que se move pela cidade. Bigby entra sozinho no covil do Crooked Man, encontrando ele e seus agentes. O Crooked Man revela Georgie como o assassino de Faith e Lily e alega que ele não entendeu suas ordens para lidar com eles, mas Georgie afirma que o Crooked Man disse a ele para matar as mulheres. Uma luta se inicia e o Crooked Man e uma fuga fatalmente esfaqueada de Georgie. Quando Bigby persegue Georgie e sua amante Vivian no Pudding & Pie, ela explica que o Crooked Man e Georgie estavam agindo para impedir uma trama liderada por Faith com as outras prostitutas para escapar de sua servidão forçada. Vivian é revelada como a garota com a fita em volta do pescoço e, tendo feito cópias dela, prendeu mulheres como Faith, Lily e Nerissa por Georgie, garantindo o silêncio delas. Lamentando suas ações, Vivian desfaz sua fita, quebrando o feitiço, mas cortando a cabeça. Bigby então encontra o Crooked Man escondido em uma antiga fundição, e depois de se transformar em sua verdadeira forma de lobo para matar Bloody Mary, o encurrala em um escritório, onde ele exige um julgamento justo no Woodlands. Bigby volta ao Poço das Bruxas no escritório de negócios para contar eventos às fábulas montadas das florestas, onde ele e Snow são forçados a defender suas ações contra reivindicações das fábulas. Bigby relata as confissões de Vivian e Georgie sobre o envolvimento do Crooked Man, mas sua palavra é considerada não confiável. Nerissa aparece e testemunha que ela e outras cinco mulheres ouviram o Homem Torto ordenar os assassinatos. Seus testemunhos são considerados suficientes para acreditar que o que Bigby fez estava certo. No epílogo, Snow se torna o novo vice-prefeito e lida com as consequências das ações do homem corrupto, enquanto Bigby vê as fábulas sendo levadas de volta à fazenda. Depois, ele encontra Nerissa, que está seguindo em frente com sua vida. Ela admite que Faith inventou um plano com ela e Lily para chantagear Georgie e o Crooked Man por sua liberdade, usando uma foto de Lily e Crane juntos, mas Georgie matou as duas mulheres quando ela entrou em pânico e revelou sua trama a ele. Nerissa deixou a cabeça de Faith em Woodlands para envolver Bigby e deu um falso testemunho de punição do Crooked Man, sabendo que ele era quem ordenou a morte deles. Deixando, ela comenta que Bigby não é tão ruim quanto todo mundo diz que ele é, fazendo com que Bigby se lembre de Faith dizendo o mesmo antes de sua morte. Várias conversas anteriores com Faith e Nerissa acontecem na cabeça de Bigby, levando-o a questionar a verdadeira identidade de Nerissa.