As batalhas do Shogun 2 envolvem compromissos em larga escala entre exércitos que se encontram no mapa da campanha e podem ocorrer em terra ou na água. Os desenvolvedores proclamam que estão prestando atenção especial ao redesenhar as batalhas navais e de cerco apropriadas à nova configuração. Em contraste com os castelos e fortes europeus, os castelos no Japão feudal tinham vários níveis e, portanto, as batalhas de cerco no jogo colocavam menos foco nas defesas das muralhas, mas mais nas brigas no pátio e nas manobras táticas. Além disso, os jogadores travarão batalhas navais com navios japoneses únicos que se assemelham a "castelos flutuantes" e levarão em consideração combates em navios, fogo de flechas, terreno costeiro e outros fatores. Como as edições recentes, Empire e Napoleon: Total War, o clima e as condições climáticas afetam as batalhas. Por exemplo, o nevoeiro reduz bastante a visibilidade, enquanto as fortes chuvas diminuem a eficácia das tropas de mísseis, como arqueiros ou artilheiros, exigindo que os jogadores adaptem suas estratégias. Além disso, como em Napoleão, exércitos que estão nas províncias inimigas durante o inverno ou frotas distantes da costa sofrem desgaste. Shogun 2 é conhecido por um evento único para a série conhecida como Realm Divide, na qual um por um, todos os clãs sobreviventes controlados por computador declaram guerra ao jogador (ou jogadores no modo de campanha cooperativa) e se aliam, embora o aliados do jogador tendem a fazê-lo mais tarde. A Divisão do Reino é acionada quando o jogador captura territórios suficientes ou captura Kyoto. A fama do clã mostra o quão perto o jogador está de provocar a divisão do reino.